構造最適化AFM像シミュレータ: CG
原子スケール液中AFM像シミュレータ: CG-RISM

このページでは、構造最適化AFM像シミュレータCG、原子スケール液中AFM像シミュレータCG-RISMをご紹介致します。
各計算モードを示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、その計算モードを使った計算例を見ることが出来ます。
各計算例には、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類が保管されています。
これらの資料を自由に使って、CG、CG-RISMの使用の手助けとして下さい。

CG/CG-RISMは、分子がエネルギー的に安定となる原子配置を探索し、分子構造を決定し、そのAFM像をシミュレーションします。
真空中/液中での、AFM周波数シフト像が、分子の大きさのスケールでシミュレーション可能です。
真空中/液中での、探針・試料からなる系の、エネルギーカーブ・フォースカーブを計算できます。
探針の高さが一定のモード、探針が感じる力が一定のモードで、非接触AFM画像をシミュレートできます。
CG/CG-RISMは、計算過程において、Allingerによって開発されたMM3という古典力場パラメータを用いています。
このため、MM3に含まれている元素しか、CG/CG-RISMは取り扱えません。
MM3に含まれる元素のリストが、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、 この部分 にまとめられています。
[計算モードの選択]　CG/CG-RISMには、以下の5種類の計算モードが用意されています。
以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

高さ一定モード	試料表面から一定の距離を保って探針で走査し、探針が受ける力を2次元平面上にプロットして、AFM画像を生成します。
力一定モード	試料表面上の各位置において、探針を試料に近づけたときに、探針に作用する力が設定した値となるような探針高さを求めます。 （水中計算は対応していません。）
高さ一定・ノンコンタクトモード	周波数シフトを用いる非接触型AFM画像をシミュレートするモードです。
フォースカーブ測定モード	試料表面上の特定のxy位置で探針を試料に近づけるときに、探針に作用する力を計算します。
力最小モード	試料表面上の各位置において、探針に作用する力の値が最小になる探針高さを求めます。（水中計算は対応していません。）

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